L’Agence veut réduire de moitié l’usage des produits phytosanitaires à l’horizon 2018 pour améliorer la qualité des eaux. Pour cela, elle finance des opérations de sensibilisation auprès des irrigants agricoles et participe à la recherche et au développement de cultures plus économes. Le budget pour financer ces opérations s’élève à 1,6 M€ depuis 2008. De plus, celle-ci aide les agriculteurs à acquérir du matériel alternatif au traitement chimique. Ainsi, également depuis 2008, 383 agriculteurs ont accédé à ce type d’équipement pour un total de 1.4M€. Enfin, l’Agence s’occupe en priorité de produire de l’eau potable. Pour cela, elle ouvre des plans d’action territoriaux(PAT). Ceux-ci sont estimés à 70M€ pour le 9ème programme (2007-2012).
Mais les résultats de l'année 2009 affichent un déficit, ce qui complique le financement du programme. Ceci s'explique par un phénomène d’étiage beaucoup plus important qu’en 2008 et 2007 durant la période estivale et ce, à cause des besoins accrus en eau des plantes (conditions climatiques). Ainsi, malgré un soutien d’étiage, on a observé à différents endroits de la Garonne plusieurs jours sous le débit d’alerte (seuil qui déclenche des restrictions d’usage). On a compté 13 jours pour Portet sur Garonne. 51 Mm3 d’eau ont donc été lâchés durant l’été 2009 pour un coût total de 3,1 M€. Le financement de ces opérations est assuré à 75% par l’Agence de l’eau Adour Garonne, à 20% par le SMEAG et à 5% par EDF. Cette action n’aura que partiellement porté ses fruits (réduction de moitié des jours sous le seuil d’alerte). Pour financer le soutien d’étiage, l’agence a mis en place depuis 2008 un système provisoire reposant sur la tarification des usagers. Ainsi, au sein des 240 communes du corridor Garonne, les volumes prélevés par les irrigants ont été majorés de 0,4 € ce qui équivaut à une hausse d’environ 7 €/ha. Cette participation représente 30% du coût du soutien d’étiage. Les prévisions pour 2010 annoncent une amélioration pour le début de l’été mais le reste de la période reste incertain.